公立医院内部控制管理制度和政府会计准则分别从管理和会计核算两个角度加强医院的运营和治理，堵塞漏洞，防止舞弊，保障医院的高质量发展。
国家卫健委《公立医院内部控制管理办法》提出：医院内部控制的目标最重要的包含：保证医院经济活动合法合规、资产安全和使用有效、财务信息真实完整；而政府会计准则—基本准则明确：准则制定的重要缘由是为了保证会计信息质量。而规范医院的会计核算就成为两者的前提和保证。基本准则要求预算会计与财务会计并行，预算会计实行收付实现制，财务会计实行权责发生制，构建了“财务会计和预算会计适度分离并相互衔接”的会计核算模式。
决算报告的目标是向报告使用者提供与医院预算执行情况有关的信息，财务报告的目标是向使用者提供与医院的财务情况、运作情况（含运行成本）和现金流量等有关的信息；前者综合反映医院预算收支的年度执行结果，后者反映医院责任履行情况；前者有助于报告使用者做监督和管理，并为编制后续年度预算提供参考和依据，后者有助于使用者做出决策或进行监督和管理。
准则要求医院对自身发生的经济业务或事项做会计核算，并以医院持续运行为前提；对应内部控制要求覆盖医院所有经济活动及相关业务活动、涵盖所有工作任务，同时关注医院重要经济活动及重大风险。两者对医院的共同要求是将发生的各项经济业务或者事项纳入核算与控制，确保会计信息能够全面反映医院预算执行情况和财务情况、运作情况、现金流量。
预算会计包括收入、支出和结余三个要素，收入和支出都是在实际收到和支出时，以实际收到或者支出的金额，在收到和支付时予以确认和计量，如果没发生资金流动就不进行预算会计核算；结余包括结余资金和结转资金，是指医院在预算年度内，预算收入扣除预算支出后的资金余额，以及历年滚存的资金余额。结余资金是指年度预算执行终了，预算收入实际完成数扣除预算支出和结转资金后剩余的资金；结转资金是预算安排项目的支出，年终尚未执行完毕或者因故未执行，且下年需要按原用途接着使用的资金。符合预算会计三要素定义及确认条件的项目必须列入决算报表。
公立医院内部控制包括十二个方面，其中，预算控制是重要的工具和抓手，内部控制通过预算会计核算和制度建设贯穿于预算执行全过程，最重要的是落实到具体项目中，包括项目的计划、审批、采购、付款等。内部控制要求医院建立健全内部财务管理制度，严格执行国家统一的会计制度，对医院发生的各项经济业务事项做确认、计量、记录和报告，确保财务会计信息真实完整，充分的发挥会计系统的控制职能。具体包括预算编制与资产配置是否相结合、与具体工作是否相对应、是否按照批复的额度和开支范围执行预算，进度是不是合理，是不是真的存在无预算、超预算支出等问题。
政府会计准则要求会计核算提供的会计信息能够真实反应医院的经济业务和事项，从而提供高质量的会计信息。会计信息不准确会影响医院的收支管理，进而影响绩效考核数据的真实性、完整性和准确性。例如体检收入，外单位人员体检的账务处理，财务会计是借：银行存款或应收账款，贷：医疗收入；预算会计是借：资金结存-货币资金，贷：医疗预算收入。核心问题是本院职工体检怎么样做账务处理，有的医院账务处理，财务会计是借：职工福利基金，贷：医疗收入；由于不涉及现金，预算会计不做账务处理。但是本院职工的体检费用列入职工福利基金，还是管理费用要求我们进一步探讨。有的医院本院职工体检不做账务处理，不计入医疗收入，内部控制中的收入控制就出现一些明显的异常问题了，造成会计信息失真，财务报表质量受一定的影响。实际上，医疗收入是医院开展医疗业务活动及其辅助活动实现的收入，即使本院职工体检也是体检中心及有关部门医务人员提供医疗活动实现的收入，不计入会计核算会影响医院的内部控制、成本核算，进而影响绩效考核的效果。
医院在对体检中心进行绩效考核时，按成本控制原则，设置了百元医疗收入成本和耗占比这两个指标，前者的计算公式：分子是科室的全部直接成本（包括医用耗材消耗），分母是科室的医疗收入；后者的计算公式：分子是医用耗材消耗，分母是医疗收入，医用耗材都计入了成本和消耗，但是，如果体检收入没有核算、计入该科室的医疗收入，一是不符合成本核算的“收支配比原则”，二是收入减少会提高以上两个考核指标，由此减少分值，该科室的绩效就会减少。由于会计核算不准确影响科室绩效就会降低员工满意度，进而影响患者满意度。
有的医院为减少患者的就医等待时间，减少医院的不可增值流程，将部分检验项目进行组合，同时打包可收费一次性抽血耗材，结果是收费员通过HIS系统收费时统一收在检验费中，每天收费日报表统计是检验收入，在财务科进行账务处理时，收入确认在检验收入中，检验收入虚增，医用耗材收入虚减，造成医疗收入结构性信息失真，会计核算不准确，财务报表质量降低。同时，按成本核算的“配比原则”，大量出库的可收费一次性医用耗材找不到对应的收费项目，引起存货流通控制和医疗收费控制的漏洞。所以，有的医院在接受审计和巡查时，会被查到一级库出库的可收费医用耗材数量和金额远大于二级库库存量和已收费耗材量的合计数，要求整改，也是其中的一个主要的因素。因此，医院应该从收费的源头查找原因，加强会计核算；从信息化控制入手，加强医院的内部控制。
总之，由于公立医院业务活动复杂，资金规模大，内部控制和政府会计准则都要求加强医院的收支管理：包括收入来源是不是合乎法律合规，支出是不是合理，决算编报是否真实、完整、准确、及时等。要求医院深入推动内部控制建设工作，增强内部控制意识，规范内部经济和业务活动，强化内部权力运行制约。
